Die Schule ist organisiert in der Rechtsform des eingetragenen Vereins (Freie Schule Mölln e.V.). 

Der Zweck des Vereins ist die Förderung der Erziehung und Bildung auf Grundlage der anthroposophischen Menschenkunde.

Rechtlicher Vertreter des Vereins (Freie Schule Mölln e.V.) ist der Vorstand. 

Dieser wird von den Mitgliedern gewählt und setzt sich aus mindestens 5, höchstens 9 Mitgliedern zusammen, wobei mindestens 20%, höchstens aber 40%, der Mitglieder Vertreter des Kollegiums sein müssen bzw. dürfen.